愛滋病毒進入CD4淋巴球後，在細胞內利用本身特有的反轉錄(Reverse transcriptase)完成複製後，愛滋病毒顆粒的外套和細胞膜融合、穿過細胞膜、離開細胞。病毒造成細胞破壞經由多種可能的機轉。病毒造成細胞間融合(Syncytia formation)，抑制細胞內蛋白質的合成、自體免疫機轉(Autoimmune mechanism)、細胞凋亡(Apoptosis)，CD8淋巴球對於感染病毒的細胞也會施以毒殺破壞等等。CD4淋巴球會再裂增生以補充，但是分裂的細胞更容易感染而破壞，其破壞速度超過 補充速度，於是CD4淋巴球數目日漸減少。當CD4淋巴球因感染病毒而功能低下或數目降低時，免疫系統出現問題，受到CD4淋巴球指揮、具有特異性的免疫功能的細胞，包括T淋巴球和B淋巴球，功能降低，因此伺機性感染和腫瘤便接踵而至。
資料來源:行政院衛生署疾病管制局
